Für die Abwasserentsorgung ist die Gemeinde Eschenbach aus topografischen Gründen an drei verschiedene Abwasserreinigungsanlagen angeschlossen. Eschenbach, Fätzikon, Neuhaus und Bürg liegen im Einzugsgebiet der ARA Eschenbach, das Abwasser von Diemberg wird in der ARA Wald gereinigt und jenes von Lütschbach und Ermenswil der ARA Jona zugeführt. Im Jahr 1993 haben sich die Gemeinden Eschenbach, St. Gallenkappel und Ernetschwil (für Gebertingen) zu einem Abwasserverband zusammengeschlossen. Seit 01.01.2010 ist auch Goldingen dabei. In der Folge wurde die ARA Eschenbach im Gebiet Gublen für brutto rund 23,63 Mio. Franken saniert und ausgebaut. Dazu gehörte auch die Erstellung eines Überleitungsbauwerks (Stollen) in den Obersee.