In der Ostschweiz zählten die Kantone Säntis und Linth mit den Hauptorten St. Gallen und Glarus zu den neunzehn Verwaltungseinheiten der neuen Helvetischen Republik von 1798. Zusammen mit den übrigen Gemeinden der alten Grafschaft Uznach, des Gasterlandes und Teilen der March gelangte auch Eschenbach zum Kanton Linth. Auf einer Wahlversammlung in Glarus wurde der vormalige Landammann Johann Ulrich Custor in den Grossen Rat (heute Nationalrat) abgeordnet.

Die Einquartierung, d.h. die Verpflegung und Unterkunft der französischen Besatzungstruppen bereitete den neuen verantwortlichen Männern an der Spitze der Gemeinden grosse Sorgen. Der Unmut gegenüber dem neuen Regime wuchs zusehends. Vielerorts verweigerten die Bürger die Eidesleistung auf die Einheitsverfassung und viele wünschten sich die alte Ordnung wieder herbei. In den Kantonen standen sich überall Gegner und Anhänger der Revolution gegenüber. Offener und verdeckter Widerstand erschwerte den willigen Beamten ihre ohnehin schon schwierige Arbeit.

Anfangs Mai 1799 besetzte die österreichische Armee die Ostschweiz. In Glarus verbrannten die Altgesinnten die helvetische Verfassung. Die Wiederkehr der alten Zustände währte jedoch nur kurze Zeit. Nach der Niederlage der Österreicher und Russen bei Zürich kehrten die Franzosen zurück und die helvetischen Beamten nahmen ihre Arbeit wieder auf. Die Franzosen liessen die Bevölkerung spüren, dass sie ihnen die Unterstützung im Kampf versagt hatten: Grosse Geldzahlungen waren zu leisten. In der ausgebluteten Ostschweiz, die gleichzeitig unter Missernten und Kornsperren litt, bereiteten sich Elend und Hunger aus.

Nach verschiedenen Staatsstreichen und dem Abzug der französischen Truppen brach die Helvetische Republik 1802 endgültig zusammen. Der Kanton Linth löste sich in das alte Glarus und neun Republiken auf.