Nach den ältesten Urkunden des Klosters St. Gallen stand schon vor 1200 Jahren ein bedeutendes Gotteshaus in Eschenbach, dem u.a. auch Schmerikon bis zum Jahr 1500 zugeteilt war. Anno 1309 schenkten die Grafen Kraft und Friederich von Toggenburg den Kirchensatz und das Patronatsrecht von Eschenbach dem Kloster Rüti. Letzteres wurde im Zuge der Reformation 1525 aufgehoben. Das Patronatsrecht fiel an Zürich, dann an Rapperswil, doch schon um 1537 kaufte die uralte Pfarrei Kirchensatz und Zehnten um 660 Münzgulden von Rapperswil zurück und wurde damit selbständig.

Das ursprünglich karolingische Gotteshaus wurde im späten 13. Jahrhundert zur romanischen Kirche umgestaltet. Dabei sind als Baumaterial u.a. Steinquader von der anno 1286 zerstörten Burg Uznaberg verwendet worden. Im Zuge des alten Zürichkrieges fiel auch die Pfarrkirche dem Dorfbrand zum Opfer. Zunächst wurde sie notdürftig restauriert, um dann 1496 zur gotischen Kirche umgebaut zu werden. Nach Aussen blieb das Bauwerk während langer Zeit unverändert, derweil Chor und Innenausstattung in frühbarocken Stil umgewandelt wurden. Mit dem 1726 erfolgten vollständigen Neubau des Langhauses ging auch die äussere barocke Umgestaltung einher und schon 27 Jahre später, nämlich 1753/54 erfolgte der Umbau zur Spätbarockkirche.

In den Jahren 1874/76 drängte sich die Renovation und Erweiterung der Pfarrkirche auf. Im Zuge der Aussenrenovation von 1932 wurde der Kirchturm erhöht. Anlässlich der Innenrestaurierung von 1955/56 erhielt die Kirche mit dem westlichen Anbau das heutige Erscheinungsbild. Und anlässlich der letzten grösseren Renovation von 1994 bis 1998 wurden der Innenraum erneuert und der Michaelsraum neu geschaffen.